个体户和员工签的入股协议是有效的，根据法律的规定，有效协议必须具备以下条件：(1)当事人订立合同时具有相应的缔约行为能力。(2)当事人意思表示真实。(3)内容不违反法律或社会公共利益。只要符合以上要求的即为有效。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。
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