性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列，并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称酶。性核酸内切酶主要存在于微生物中。识别特定dna序列，并结合相应位点，切断其磷酸二酯键，产生黏性末端或平末端，修复破坏的基因，或是将自己的基因向寄主整合时都要用到，有个说法是用于破坏噬菌体（病毒）。
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