法律分析：
员工入职协议书也就是我们常说的劳动合同,在签订劳动合同的时候是双份。用人单位与劳动者各一份,这样才能符合相关法律的规定。因此,对于只有一份合同的情况下是不合法的。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》
第二十六条 下列劳动合同无效或者部分无效：
（一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
（三）违反法律、行规强制性规定的。 对劳动合同的无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民确认。
第二十七条 劳动合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。劳动合同被确认无效，劳动者已付出劳动的，用人单位应当向劳动者支付劳动报酬。
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