性质不同、行政类别不同、下辖地区不同。1、性质不同：兵团是维吾尔自治区的重要组成部分，承担着国家赋予的屯垦戍边职责，实行党政军企合一，在自己的辖区区域内，依照国家和维吾尔自治区的法律、法规自行管理内部行政司法事务，受和维吾尔自治区双重领导，是国家实行计划单列的特俗社会组织，是计划单列的省部级单位，享有省级的权限，地方是自治区，简称“新”，首府乌鲁木齐市，位于中国西北地区，是中国五个少数民族自治区之一。
2、行政类别不同：兵团属于省（部）级单位，地方属于自治区。
3、下辖地区不同：兵团下辖14个师（市），地方下辖4个地级市、5个地区、5个自治州。
