并不会的，因为他们不是行政机构，只是机构，第一次没有通过也不会留存案底的，第一次没有，通过第二次再去办理就可以了。
办理健康证时，发现不合格。则证明体检人身体有问题，不适合于从事卫生与食品相关的行业。接到不合格通知后，不必要惊慌，需要到医院作进一步的检查，早查出毛病早治，会对身体健康有益得多。
办理健康证流程：
1、带上自己的身份证、个人免冠一寸彩色照片两张，到疾病预防控制中心领表处领取表格，填写个人基本信息，贴上照片。
2、然后逐一进行各项体检。
3、做完体检之后，询问工作人员卫生法规知识培训的时间、地点。然后拿着登记表的下联到指点时间、地点去参加培训。
4、培训及体检合格者就可以去相关地点领“健康证”了。
办理健康证需要注意以下几点：
（1）受检人员一定要空腹，以方便采血及检查，空腹时间至少10个小时。
（2）体检当日受检者需携带身份证，领取并填写健康检查表；
（3）受检人员空腹进行静脉采血；体检前一日饮食清淡，勿饮酒、疲劳、服药；
（4）有肛门疾患者应向医生说明， 孕妇应出示相应证明免透视检查；
（5）采血后按压局部 5～10分钟止血，勿揉搓针眼。
通常健康证的办理需要1-3个工作日。健康证的有限期一般在一年或者两年，具体看证件上的说明，过期后自动作废，需要重新补办。
拓展资料：
健康证是指预防性健康检查证明，证明受检者具备做从业规定的健康素质。健康证主要涉及五个行业六种疾病，在很大程度上保护了从业人员和服务对象的健康。
健康证是指对食品、饮用水生产经营人员、直接从事化妆品生产的人员、公共场所直接为顾客服务的人员、有害作业人员、放射工作人员以及在校学生等按国家卫生法律、法规规定所进行的从业前、从业和就学期间的健康检查。
