法律分析：在公司犯罪调查程序中，涉及到公司员工的处理应当遵循法律规定。公司应当按照相关规定对员工进行调查，并依据调查结果给予相应处理。同时，公司应当保护员工的合法权益，严格遵守法律程序和程序规定。
法律依据：
1.《中华人民共和国公司法》第一百一十九条 公司应当建立健全内部管理制度，规定工作职责、权限和工作程序，保证经营活动合法、合规。
2.《中华人民共和国刑法》第三十四条 法律人员和司法人员违反法律规定，徇私舞弊，给被告人附加刑罚，或者滥用职权，徇私舞弊，帮助被告人逃避法律惩罚的，依法追究刑事责任；造成严重后果的，依法追究刑事责任。
3.《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十九条 机关侦查犯罪案件，应当遵循合法、规范的程序，保障当事人的合法权益。
以上法律依据，公司在犯罪调查程序中，应当按照法律规定进行调查、处理，同时保障员工的合法权益，避免因错误处理导致的法律风险。
