员工年终奖金计税的方式和普通收入计税有所不同。一般来说，员工年终奖金的计税方式有两种：
1、累计预扣法：累计预扣法是指将员工年终奖金与其本年度其他收入合并计算，按照年度应纳税所得额的累计数预扣预缴个人所得税。在发放年终奖金时，根据实际应纳税所得额和已经预扣预缴的个人所得税计算差额，将差额从年终奖金中扣除；
2、统一计算法：统一计算法是指将员工年终奖金单独计算，按照税法规定的税率和速算扣除数计算个人所得税。在发放年终奖金时，直接从奖金中扣除个人所得税。
企业纳税流程一般如下：
1、登记税务登记证：企业在注册时需要在当地税务机关登记税务登记证；
2、缴纳预缴税款：企业需要按照国家税务部门规定，按照月或季度预缴企业所得税、等税款；
3、缴纳年度税款：在每年年底，企业需要对当年度的所得税、等税款进行结算，做出纳税申报表，报送给税务部门，缴纳年度税款；
4、税务检查：税务部门会对企业的纳税情况进行检查，如发现问题需要补缴税款和罚款；
5、税务筹划：企业需要根据国家税收，对自身的经营情况进行筹划，合理避税，降低税收负担。
综上所述，员工年终奖金的计税方式可能会影响员工的实际收入和税负，建议在制定计税方案时，要考虑到员工的利益和税务合规要求，并及时向员工进行相关解释和说明。
【法律依据】
《中华人民共和国国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》第二条
纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法，由扣缴义务人发放时代扣代缴：先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
