以下标准下销售伪劣种子罪才立案：使生产遭受损失二万元以上的，应立案追诉。销售伪劣种子罪指的是销售假种子，或者销售者以不合格的种子冒充合格的种子，使生产遭受较大损失的行为。
《最高人民、关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第二十三条
生产假农药、假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能的农药、兽药、化肥、种子，或者生产者、销售者以不合格的农药、兽药、化肥、种子冒充合格的农药、兽药、化肥、种子，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）使生产遭受损失二万元以上的；
（二）其他使生产遭受较大损失的情形。
一、假种子由哪个部门管理
由农业和林业部门管理。农业、林业主管部门应当加强对种子质量的监督检查。种子质量管理办法、行业标准和检验方法，由农业、林业主管部门制定。农业、林业主管部门和有关部门依法打击生产经营假、劣种子的违法行为，保护农民合法权益，维护公平竞争的市场秩序。
《中华人民共和国种子法》四十七条农业、林业主管部门应当加强对种子质量的监督检查。种子质量管理办法、行业标准和检验方法，由农业、林业主管部门制定。农业、林业主管部门可以采用国家规定的快速检测方法对生产经营的种子品种进行检测，检测结果可以作为行政处罚依据。被检查人对检测结果有异议的，可以申请复检，复检不得采用同一检测方法。因检测结果错误给当事人造成损失的，依法承担赔偿责任。
二、种子如何进行司法鉴定
种子司法鉴定时，票据样种要保存完整，没有证据就无法证明是谁家的种子出了问题。要向鉴定机构提供原来购买的，保存完整的种子，如果在储存过程中种子发霉变质就丧失的鉴定的基础。
