1、更新对象不同：
棚改对象为，全市范围内使用年限在20年以上、存在住房质量安全隐患、使用功能不齐全、配套设施不完善的老旧住宅区项目应当纳入棚户区改造适用范围，不再采用城市更新(旧改)的方式进行改造;
旧改对象为，旧住宅区申请拆除重建城市更新的，建筑物建成时间原则上应不少于20年，满足条件的旧商业区、旧工业区建筑物可放宽至15年的建成时间要求。
2、运作模式不同：
棚户区改造采用“主导国企实施人才住房”的模式，深圳罗湖“二线插花地”就属于棚户区改造;
旧改遵循“引导、市场运作、公众参与”的原则，深圳南山大冲村改造项目走的则是旧改模式;
但不管是棚改还是旧改，最终目的都是城市更新。
3、强制性不同：
棚改实施过程中，因涉及公共安全利益，对于少数不服从改造的，可以通过行政征收、行政处罚程序等强制执行;
旧改则完全遵循自愿原则，必须百分之百的业主同意方可拆除动工。
4、配建要求不同：
棚改除满足拆迁安置需要外，其余住房均配建为人才住房和保障型住房，且坚持以租为主，根据辖区人才住房和保障性住房的建设供应情况，确定租售比例，福田、罗湖、南山、盐田四区的棚改项目所建人才住房和保障性住房只租不售;
旧改则按规定比例配建，无全部配建保障房的要求，可建商品房。
5、改造程序不同：
棚改没有明确规定，现实情况是参照城市更新或者征收程序进行，棚改项目的确定、权利人信息公示、异议处理等内容并无章可循;
旧改则对程序有了明确的规定，包括意愿征集、城市更新单元规划审批、实施方案、搬迁补偿安置协议的签订、实施主体确认、预售及规划验收、回迁安置等等。
部门为了提升城市的形象，可以按照规定的程序对旧房进行改造处理，但对于相关情况的处理上，必须按照法律规定的标准来进行认定，如果对相关情况的认定存在异议的，可以向土地管理部门或者规划部门进行咨询，并严格遵守相关规定和要求。
