法律分析：
两家店合并的股份分配需要协商处理。如果协商不成的，可以按净资产估价进行分配。公司合并，需要签订合并协议，协议的内容应当包括，存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第一百七十三条 公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
