法律分析：企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。
第一，向仲裁机构申请仲裁解决。企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
第二，向工商行政管理部门投诉。侵犯商业秘密往往同时构成不正当竞争行为，因此可以要求工商管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。
第三，向人民起诉。企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民起诉。
第四，协商解决。商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。
法律依据：《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”
第二十条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。”
