企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。
第一，向仲裁机构申请仲裁解决。企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
第二，向工商行政管理部门投诉。侵犯商业秘密往往同时构成不正当竞争行为，因此可以要求工商管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。
第三，向人民起诉。企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民起诉。
第四，协商解决。商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。
一、债务纠纷的处理方式是什么呢
债务纠纷的处理方式如下：
1、协商。当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解。当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。如一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁。当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼。如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到，寻求司法解决。
二、合同纠纷最有效处理有哪些
解决合同纠纷的方法有很多。一般来说，主要有以下四种：
1、协商。在友好的基础上，合同当事人通过相互协商解决纠纷是最好的方式；
2、调解。如果合同当事人不能达成协议，可以要求有关机构进行调解。如果一方或双方是国有企业，可以要求上级机关进行调解。上级机关应当在平等的基础上分清是非调解，不得进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、等进行调解；
3、仲裁。合同当事协商不成、不愿调解的，可以根据合同规定的仲裁条款或者双方在纠纷发生后达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁；
4、诉讼。合同中未订立仲裁条款，事后未达成仲裁协议的，合同当事人可以向起诉合同纠纷，寻求司法解决。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”
第二十条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。”
