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癌症研究新工具PTMScan
PTMScan技术应用案例：
CST的科学家使用PTMScan技术和一个酪氨酸磷酸化基序抗体（#9411），对酪氨酸激酶信号通路进行分析，发现了非小细胞肺癌细胞系和组织样本中的disease drivers。这项研究在非小细胞肺癌样本中发现了ALK（间变性淋巴瘤激酶）-EML4和ROS1（c-ros 致癌基因1）融合蛋白，为诊断对ALK抑制剂crizotinib【1】有反应的病人奠定了基础。在此基础上，CST开发了创新的高敏ALK、ROS1单克隆抗体【2,3】。 PTMScan技术平台介绍：
PTMScan是一项创新的蛋白质组学技术，结合高度特异性基序抗体、免疫沉淀和质谱分析，提供服务和试剂盒以支持信号新机制的发现，如靶点验证、生物标志物发现等。该技术可以鉴定和量化样本中大范围的翻译后修饰，包括乙酰化、甲基化、泛素化，磷酸化酪氨酸和丝氨酸/苏氨酸磷酸化。
根据所使用的抗体是否对肽段序列具有靶向性，PTMScan分为 PTMScanDiscovery 和
PTMScanDirect 两大类：其中 Discovery 是在蛋白质组整体水平上对某一种翻译后修饰进行特异性亲和，所检测到的修饰肽段和样品本身有很大关系，即相对含量越高的修饰肽段越容易被检测到；而在 Direct 实验中使用的抗体针对的是目标蛋白上特定位点的修饰，即不仅对特定的翻译后修饰有亲和力，另外修饰位点左右的氨基酸序列同样决定着这种亲和作用。 1. PTMScan发现服务(Discovery)
此项服务可以鉴定并定量已知或未知蛋白的翻译后修饰，包括磷酸化、泛素化、甲基化和乙酰化修饰。利用 CST 专有抗体进行亲和免疫纯化，再结合串联质谱技术，可以分析细胞系和组织样本中数以千计的翻译后修饰。此项服务可对不同的生物模式系统和疾病状态蛋白质组的翻译后修饰进行研究。
针对不同蛋白的翻译后修饰，PTMScanDiscovery 提供4种不同的服务项目： 1. PhosphoScan(磷酸化)； 2. AcetylScan(赖氨酸乙酰化)； 3. UbiScan(赖氨酸泛素化);
4. MethylScan(赖氨酸、精氨酸甲基化。
其中，由于磷酸化修饰的复杂性，PhosphoScan根据各种磷酸激酶识别底物的序列特异性，提供16种不同的单克隆基序抗体(Motif antibody)和9种试剂盒供选择。 PTMScan Motif 抗体及试剂盒一览
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KinomeView and Serine/Threonine PhosphoScanProducts
LCMS Data and Description Antlbody Kit Consenus Site Output Results Mouse Liver XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Mouse Liver XLS RAW ®®
Phospho-Akt Substrate 9614 5561 RXX(S*/T*) Phospho-Akt Substrate 10001 5563 RXRXX(S*/T*) (L/M)XRXX(S*/T*), RXX(S*/T*) Phospho-(Ser/Thr) AMPK Substrate Phospho-(Ser) ATM/ATR Substrate Phospho-(Ser/Thr) ATM/ATR Substrate 5759 55 9607 12267 S*Q 6696 12267 (S*/T*)QG, (S*/T*)Q (K/H)S*P Phospho-(Ser) CDKs Substrate 9477 Phospho-(Ser/Thr) CK II Substrate 8738 12170 (S*/T*)DXE Mouse Liver XLS RAW Phospho-MAPK/CDK Substrates 2325 4652 PXS*P, S*PX(K/R) Phospho-(Ser/Thr) PDK1 Docking Motif 9634 Mouse Liver (F/K)XX(F/Y)(S*/T*)(F/Y) XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Phospho-(Ser) PKC Substrate 6967 (K/R)(K/R)X(S*/T*) Phospho-(Thr) PLK Binding Motif 5243 5566 ST*P Phospho-Thr-Pro Motif 3003 3004 T*P, T*PP Phospho-Thr-Pro-Glu Motif T*PE, T*P Mouse Liver 2
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XLS RAW Mouse Liver XLS RAW Phospho-Thr-X-Arg Motif 2351 T*X(K/R) 2.PTMScan针对性服务(Direct)
CST
PTMScan Direct PTMScanDirect PTMScan: PTMScan ;
PTMScan PI3K/Akt ;
PTMScan Apoptosis/Autophagy PTMScan /DNA PTMScan / PTMScan
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PTMScan服务操作流程
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参考文献：
1.Rikova, K. et al. (2007) Cell 131, 1190–1203.
2.Mino-Kenudson, M. et al. (2010) Clin Cancer Res 16, 1561-1571. 3.Rimkunas, V.M. et al. (2012) Clin Cancer Res 18, 4449–4457.
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