应用NCBI查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(多图)
Time：2009-12-30 PM 14:27 Author:bioer Hits: 1120 times
Part two： 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（以人类的IL6为例）
(作者：urbest)
一、 进入NCBI主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：
点击“Go”，出现以下界面：
出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的IL-6是标号为2的序列。
二、查找cDNA、mRNA和蛋白序列
1. 查找cDNA序列
① 点击Order cDNA clone， 出现目的页面如图所示：
② 点击Clone Sequence后面的链接即可得到cDNA序列。点击后如图所示（只抓取其中一部分）：
2. 查找mRNA、蛋白序列
回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面（只抓取相关部分）：
页面的下半部分，即可以获取mRNA和蛋白序列的部分：
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA序列：
蛋白序列如下：
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly，它下面显示的是Genomic ，点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。
这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。
荧光定量PCR PCR 引物设计 RT-PCR RNA提取 糖尿病 NCBI ELISA 细胞凋亡 SNP MicroRNA 基因组测序 Transwell DNA提取 实时定量PCR iPS细胞 细胞转染原理 Southern Blot 流式 应用NCBI的Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）(多图)Time：2009-12-30 PM 13:37 Author:bioer Hits: 1510 times -
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物设计、BLAST序列比对等(作者：urbest)
关键词: NCBI 使用方法 引物设计 序列比对
总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用：
Part one 如何查找基因序列/mRNA/Promoter
Part two 如何查找连续mRNA/cDNA/蛋白序列
Part three 运用STS查找已经公布的引物序列
Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验
引物特异性
Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）
[同一个页面即可显示基因序列和启动子]
下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤
一、打开Map viewer页面，网址为：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：
二、点击“GO”出现如下页面：
三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter，下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter，出现下图：
说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。
四、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的“Genes seq”，出现新的
页面，页面下方为：
五、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：
先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
六、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到：mRNA join（3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394）这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
CDS join（3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970）
CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他区域。
本文来源于：生物问问博客,原文地址：http://www.bioask.cn/html/387.html
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